10XGenomics acaba de anunciar en la conferencia anual de AGBT (Advances in Genome Biology and Technology), la reunión de asistencia obligada para los investigadores interesados en los avances en genómica, transcriptómica y proteómica, los últimos lanzamientos para sus tres plataformas insignia: el poder de descubrimiento HD de Visium, la ultra precisión de Xenium y la creciente versatilidad de Chromium. Aquí os traemos un avance de estas novedades.
Visium:
Desde su lanzamiento en 2019, la plataforma espacial Visium ha permitido a los investigadores realizar descubrimientos de transcriptoma completo con contexto espacial. El lanzamiento de la compatibilidad con FFPE en 2021 y el lanzamiento de Visium CytAssist en 2022 ampliaron esta posibilidad al campo de la investigación clínica y las muestras translacionales.
Ahora, Visium HD ofrece la capacidad de perfilar el transcriptoma completo a una resolución más alta. Visium HD es una plataforma ideal para el descubrimiento espacial:
- Resolución a escala de una sola célula impulsada por áreas de captura rediseñadas con un campo continuo de oligonucleótidos dispuestos en millones de cuadrados con secuencias barcode sin espacios y localización precisa de transcripciones facilitada por CytAssist.
- Compatibilidad con un amplio conjunto de tejidos FFPE humanos y de ratón y un protocolo de preparación de muestras casi universal, lo que significa que no se necesita optimización para la mayoría de los tejidos.
- La química de expresión génica basada en sondas de alta sensibilidad, utilizada en la química FFPE de Visium v2, permite que la HD alcance una sensibilidad comparable o incluso ligeramente mejorada.
- Integración de H&E e IF en la misma sección, que permite correlacionar los datos de expresión génica con características morfológicas, proporcionando validación y confianza ortogonales.
Visium HD estará disponible este primer trimestre de 2024.
Xenium:
Tras su lanzamiento hace poco más de un año, destacadas publicaciones de clientes y revistas han validado la efectividad de la plataforma Xenium In Situ:
- Por su capacidad de segmentación celular multimodal, que utiliza una combinación de anticuerpos y un algoritmo rigurosamente preparado para segmentar células basándose en la tinción del límite celular (primario), el interior (secundario) o el núcleo (terciario), con una gran compatibilidad en una amplia gama de tejidos FFPE humanos y de ratón.
- El Panel Gene-5000 permite examinar más genes utilizando el enfoque de imágenes unicelulares de Xenium y manteniendo una alta sensibilidad y especificidad. Con construcciones moleculares revisadas, diseños de barcodes ópticos y pilas algorítmicas, el Panel Gene-5000 mantiene una alta sensibilidad por gen y se puede ejecutar en 2 portaobjetos completamente cargados con un total de 4 cm2 de tejido analizable en 6 días.
La nueva segmentación celular multimodal estará disponible a lo largo de este trimestre como kit adicional para los paneles existentes, pero será incorporada en futuros paneles.
El Panel Gene-5000 estará disponible en el primer semestre de 2024.
Chromium:
Desde la introducción del primer ensayo de cromatografía de 10XGenomics en 2016, la oferta de células individuales ha ido creciendo constantemente, ampliando tanto los tipos de analitos que se pueden detectar como los tipos de muestras que se pueden analizar, y continúa en 2024.
- Los análisis Chromium Flex compatibles con FFPE contarán con nuevas capacidades de detección de analitos, incluyendo proteínas intracelulares y guías CRISPR.
- Otro avance importante para Flex es la capacidad de fijar muestras de sangre entera antes de la secuenciación de ARN de célula única, lo que permite estudios de biopsia líquida más flexibles y convenientes.
Los Protocolos Demostrados para la fijación de muestras antes de nuestros ensayos de células individuales basados en transcripción inversa estarán disponibles a lo largo de este año.
Y la mayor novedad presentada por 10XGenomics en este AGBT: GEM-X.
Los nuevos ensayos Chromium GEM-X Single Cell Gene Expression v4 y GEM-X Single Cell Immune Profiling v3 se integran perfectamente con la instrumentación de Chromium X/iX, proporcionando :
- Hasta 2 veces más genes detectados en comparación con versiones anteriores.
- Aumento del doble en el rendimiento celular,
- Reducción del doble del coste por celda,
- Reducción del doble en la tasa de multipletes, y
- Tasas de recuperación celular de hasta el 80%.
Los nuevos ensayos Chromium GEM-X de Expresión Génica de Célula Única v4 y Perfilado Inmune de Célula Única v3 están disponibles para preordenar.
Si queréis conocer más sobre estas novedades, podéis visitar este post de 10XGeonomics, o contactar con nuestro departamento comercial.